감자를 햇볕에 오래 노출시키거나 오래 보관하게 되면 표면이 녹색으로 변하거나 싹이 나게 된다. 감자의 싹에는 천연독소인 솔라닌(Solanine)이 함유되어 식중독을 일으킬 수 있다. 싹을 제거할 때엔 눈 부분이 남지 않도록 제거하고 초록색으로 변색된 부분에도 솔라닌이 생기기 때문에 감자 표면의 초록색 부분 역시 깨끗이 제거해야 한다.

감자를 보관하는 박스에 사과를 한 두 개 정도 넣어 두면 좋다. 사과에서는 감자의 발아를 억제하는 가스인 에틸렌이 생성되어 사과와 함께 보관하면 오랜 시간 보관이 가능하다. 보통 사과 한 개가 감자 10kg 정도의 싹을 억제하는 기능이 있다고 한다.

흠이나 멍이 들지 않고 깔끔한 감자를 골라야 한다. 또 색이 어둡지 않고 싹도 없으며, 녹색빛도 돌지 않아야 한다. 또한, 만졌을 때 단단해야 한다. 감자를 삶을 때는 껍질을 벗기지 않는 것이 좋다. 껍질을 벗기지 않고 삶으면, 감자 안의 영양소와 맛을 유지할 수 있다.